Родился будущий скульптор в Вильне (ныне Вильнюс), в семье трактирщика. Фамилия происходит от названия пригорода Антоколь (один из районов города), где и жила семья. Детство Марка Матвеевича было не из легких. Вот как сам скульптор высказывался о нем: «Детство мое слишком мрачно, да так мрачно, что я с содроганием вспоминаю. Я был нелюбимым ребенком, и мне доставалось от всех. Кто хотел бил меня, даже прислуга; а ласкать меня никто не ласкал. Я донашивал старые одежды, меня звали «истуканом», «оловянные руки». Я справлял в семействе должность рабочей лошади. Не унижала меня только мать моя».
Родители относились к увлечению сына рисованием резко негативно, но, несмотря на это устроили мальчика подмастерьем к резчику по дереву. Его работы впечатлили виленского генерал-губернатора В.И. Назимова, и он поспособствовал поступлению Марка Антокольского в Академию художеств.
Скульптор не только выучил русский язык, но и увлекся русской культурой и историей. Первая большая работа Антокольского «Иван Грозный» имела огромный успех и была приобретена Александром II для Эрмитажа. В дальнейшем мастер создал много образов из русской истории, таких как: Нестор-летописец, Ермак, Ярослав Мудрый.
В Воронежском областном художественном музее им. И.Н. Крамского представлена скульптура «Христос перед судом народа» выполненная в бронзе.
Сам скульптор говорил о своем произведении: «Я выбрал этот момент потому, что здесь и связался узел драмы, его душевное движение в эту минуту является необыкновенно грандиозным». Иисус предстает перед зрителем в полный рост со связанными за спиной руками. Он внешне спокоен, но за этим спокойствием кроется подлинная сила, решимость и глубокая человечность.
«В статуе я хотел создать тишину и глубину, внешнюю простоту с внутренней глубиной…» – писал скульптор.
Европа с восторгом приняла работу Марка Матвеевича. На Всемирной выставке 1878 года в Париже за скульптуру «Христос перед судом народа» он получил медаль и орден Почетного легиона. В России критики отнеслись к работе весьма скептически. Однако, несмотря на многочисленные негативные отзывы, были и те, кто оценил новаторство автора. К примеру, Репин, Тургенев и Стасов назвали скульптуру гениальной.
Антокольский считал себя русским художником: «Вся душа моя принадлежит той стране, где я родился и с которой свыкся. На севере сердце мое бьется сильнее. Я глубже там дышу и более чуток ко всему, что там происходит. Вот почему, что бы я ни сделал, будет всегда результатом тех задушевных впечатлений, которыми матушка-Русь вскормила», – писал Антокольский В.В.Стасову.
Но в 1893 году Антокольский навсегда оставил Россию. К отъезду его подтолкнуло прогрессирующее ухудшение состояния здоровья и провал его персональной выставки в Петербургской Академии художеств. С 1897 года он проводил часть времени в Италии на Лаго-Маджоре, но все же, в приоритете для него оставалась работа в Париже.
Умер Марк Антокольский 9 июля 1902 года во Франкфурте-на-Майне в Германии от болезни легких. Похоронили известного скульптора в России в Санкт-Петербурге, на Еврейском Преображенском кладбище.